Arrêt maladie en alternance : salaire, droits et formation

Grippe, accident, opération ou fatigue intense… Si votre état de santé ne vous permet pas de travailler, votre médecin peut vous prescrire un arrêt maladie. Mais lorsque vous êtes en alternance, les démarches peuvent parfois sembler plus compliquées : devez-vous prévenir l’entreprise, le CFA ou les deux ? Continuerez-vous à toucher votre salaire ? Pouvez-vous assister aux cours ou passer un examen ?

En tant qu’alternant, vous êtes à la fois apprenant et salarié. Vous bénéficiez donc des mêmes droits qu’un autre collaborateur, mais vous devez aussi respecter certaines démarches pour justifier votre absence et percevoir vos indemnités. Voici tout ce que vous devez savoir pour gérer votre arrêt maladie en alternance, de l’envoi des documents jusqu’à votre reprise.

1. Un alternant a-t-il droit à un arrêt maladie ?

Oui ! Que vous soyez en contrat d’apprentissage ou de professionnalisation, vous êtes salarié de l’entreprise. Vous pouvez donc bénéficier d’un arrêt de travail lorsque votre état de santé ne vous permet pas de travailler. 

Pendant cette période, votre contrat est suspendu, mais il n’est pas rompu. Vous restez salarié de l’entreprise, même si vous cessez temporairement votre activité. 

Le temps passé en formation étant considéré comme du temps de travail effectif, votre arrêt couvre normalement vos journées en entreprise, mais aussi celles prévues au CFA. Vous ne devez donc pas suivre vos cours pendant cette période, sauf autorisation spécifique.

Important : vous devez justifier votre absence, mais vous n’avez pas à expliquer votre maladie à votre manager, à vos collègues ou à votre CFA. Le volet destiné à l’employeur ne mentionne pas le motif médical de l’arrêt, qui reste couvert par le secret médical.

2. Quelles démarches effectuer en cas d’arrêt maladie en alternance ?

Vous devez prévenir votre entreprise dès que vous savez que vous ne pourrez pas travailler. Contactez votre manager, votre maître d’apprentissage ou le service des ressources humaines, en suivant la procédure interne : appel, e-mail, SMS ou outil de gestion des absences.

Informez également votre CFA, votre référent pédagogique ou votre learning coach. Cette démarche permet de justifier votre absence aux cours et d’anticiper les éventuelles évaluations manquées.

Transmettez les bons documents sous 48 heures

Une fois votre arrêt prescrit par un professionnel de santé, vérifiez les documents à transmettre :

Interlocuteur	Démarche à effectuer
Employeur	Envoyer le volet 3 dans le délai prévu par votre convention collective ou votre entreprise, généralement sous 48 heures.
CPAM ou MSA	Envoyer les volets 1 et 2 si le professionnel de santé ne les a pas télétransmis
CFA ou organisme de formation	Transmettre le justificatif demandé selon la procédure prévue

Lorsque le médecin télétransmet votre arrêt à l’Assurance Maladie, les deux premiers volets sont envoyés automatiquement. Vous recevez seulement le volet 3, à transmettre à votre employeur.

En revanche, s’il vous remet un arrêt au format papier, vous devez envoyer les volets 1 et 2 à votre caisse. Seul le formulaire Cerfa sécurisé est accepté : les scans, photocopies et anciens formulaires sont refusés.

Bon à savoir : une prolongation de l’arrêt maladie entraîne les mêmes démarches. Prévenez de nouveau votre entreprise et votre CFA, puis transmettez les documents dans les 48 heures.

3. Quel salaire touchez-vous pendant un arrêt maladie en alternance ?

Pendant un arrêt maladie, votre salaire habituel n’est pas automatiquement maintenu. Votre revenu peut être composé des indemnités journalières de l’Assurance Maladie et, dans certains cas, d’un complément versé par votre employeur.

Les indemnités journalières de l’Assurance Maladie

Pour recevoir des indemnités journalières, vous devez remplir certaines conditions d’activité ou de cotisation. Pour un arrêt de moins de six mois, vous devez notamment avoir travaillé au moins 150 heures pendant les trois mois civils ou les 90 jours précédant l’arrêt, ou avoir cotisé sur une rémunération minimale.

Les heures passées en entreprise et celles consacrées à votre formation théorique sont prises en compte. Si votre alternance vient de commencer et que vous ne travailliez pas auparavant, vérifiez votre situation auprès de votre CPAM.

Les indemnités journalières correspondent à 50 % de votre salaire journalier de base. Celui-ci est calculé à partir de vos trois derniers salaires bruts, dans la limite du plafond applicable. Au 1er juillet 2026, l’indemnité ne peut pas dépasser 42,97 € bruts par jour.

Par exemple, si vous avez reçu 1 000 € bruts au cours de chacun des trois derniers mois, le calcul simplifié est le suivant :

• salaire journalier de base : 3 000 € ÷ 91,25 = 32,88 € ;
• indemnité journalière : 32,88 € × 50 % = 16,44 € bruts.

Ce montant brut peut ensuite être soumis à des prélèvements sociaux.

Un délai de carence de trois jours

En cas de maladie ordinaire, les indemnités journalières sont versées à partir du quatrième jour d’arrêt. Les trois premiers jours constituent le délai de carence et ne sont donc pas indemnisés par l’Assurance Maladie, sauf exception.

Votre convention collective ou un accord d’entreprise peut toutefois prévoir des règles plus favorables, comme le maintien de votre rémunération pendant ces trois jours.

Le complément éventuel de l’employeur

L’employeur peut compléter les indemnités de la Sécurité sociale. Pour bénéficier du complément légal, vous devez notamment avoir au moins un an d’ancienneté au premier jour de l’arrêt, et avoir transmis votre certificat médical dans les 48 heures. Son versement commence normalement au huitième jour d’arrêt.

De nombreux alternants n’ont pas encore un an d’ancienneté et ne bénéficient donc pas toujours de ce complément légal. Cependant, la convention collective, un accord d’entreprise ou un régime de prévoyance peut prévoir des conditions plus favorables (y compris le maintien total du salaire). Renseignez-vous auprès des ressources humaines.

Enfin, si votre employeur maintient tout ou partie de votre salaire, il peut pratiquer la subrogation. Il reçoit alors directement les indemnités journalières de l’Assurance Maladie et vous verse les sommes qui vous sont dues. Sans subrogation, les indemnités sont versées directement par la CPAM, généralement tous les 14 jours. Pour mieux comprendre les retenues liées à votre absence et l’éventuel maintien de salaire, apprenez également à lire votre fiche de paie d’alternant.

Attention : un arrêt lié à un accident du travail ou à une maladie professionnelle suit des règles différentes. Les indemnités journalières sont notamment versées sans le délai de carence habituel.

4. Pouvez-vous suivre votre formation pendant l’arrêt maladie ?

Vos journées de formation font partie de votre temps de travail. Par conséquent, votre arrêt maladie couvre aussi bien les jours prévus en entreprise que ceux consacrés aux cours, y compris lorsqu’ils sont suivis en digital learning. 

Obtenez l’accord de votre médecin pour continuer à vous former

Il est possible de suivre une formation pendant un arrêt, mais seulement après avoir obtenu l’accord écrit de votre médecin traitant. Vous devez ensuite transmettre cet accord à votre CPAM, de préférence par lettre recommandée avec accusé de réception. La durée de la formation ne doit pas dépasser la durée prévisionnelle de l’arrêt.

Attention : si vous ne respectez pas cette procédure, le versement de vos indemnités journalières peut être interrompu.

Informez également votre employeur et votre organisme de formation avant de reprendre un cours ou une activité pédagogique. L’accord de votre formateur ne remplace ni l’accord écrit du médecin ni la démarche auprès de la CPAM.

Prévenez rapidement en cas de cours ou d’examen manqué

Une fois transmis selon la procédure de votre CFA, votre arrêt permet de justifier votre absence. En revanche, les modalités de rattrapage dépendent de votre formation. 

Demandez à votre CFA :

• quels documents transmettre ;
• où retrouver les cours et les supports manqués ;
• si une évaluation peut être reportée ou rattrapée ;
• quels contenus et compétences reprendre en priorité à votre retour.

En cas d’arrêt prolongé, le CFA et l’entreprise pourront étudier des solutions adaptées : programme de rattrapage, ajustement du calendrier ou accompagnement renforcé. Toutefois, l’arrêt ne prolonge pas automatiquement votre contrat ou votre formation. Faites donc rapidement le point avec votre référent pédagogique.

5. Quels sont vos droits et vos obligations pendant l’arrêt ?

Un arrêt maladie doit vous permettre de vous soigner. Il ne s’agit ni d’une période de télétravail ni de jours de congé. Votre employeur ne peut donc pas vous demander de consulter vos e-mails, de terminer un dossier ou de participer à une réunion, même pour une tâche « rapide » !

De votre côté, vous devez respecter les prescriptions du médecin, les horaires de sortie indiqués sur l’arrêt et les éventuels contrôles de l’Assurance Maladie ou de l’employeur. Vous devez aussi vous abstenir de toute activité non autorisée. Le non-respect de ces règles peut entraîner la suspension de vos indemnités.

Continuez-vous à acquérir des congés payés ?

Oui. Pendant un arrêt pour maladie ou accident d’origine non professionnelle, vous acquérez deux jours ouvrables de congés payés par mois, dans la limite de 24 jours ouvrables par période de référence.

Les congés que vous n’avez pas pu prendre à cause de votre arrêt peuvent également être reportés sous certaines conditions. Dans le mois suivant votre reprise, votre employeur doit vous informer du nombre de jours acquis et de la date jusqu’à laquelle vous pouvez les utiliser.

À retenir : les jours d’arrêt maladie ne sont pas déduits de votre solde habituel de congés payés.

6. Comment préparer votre reprise après un arrêt maladie ?

Avant votre retour, confirmez votre date de reprise à votre entreprise et à votre organisme de formation. Demandez également si votre planning, vos missions ou les prochaines échéances ont changé pendant votre absence.

Rapprochez-vous de : 

• votre manager ou votre maître d’apprentissage : identifiez les dossiers prioritaires et les informations indispensables ;
• votre CFA : faites le point sur les cours, les devoirs et les évaluations à rattraper. Ne cherchez pas à tout récupérer en quelques jours : un programme progressif vous aidera à reprendre le rythme sans vous épuiser.

Après une maladie ou un accident non professionnel ayant entraîné un arrêt d’au moins 60 jours, une visite de reprise doit en principe être organisée par l’employeur dans les huit jours suivant votre retour. Une visite de préreprise peut également être demandée après plus de 30 jours d’arrêt pour anticiper un éventuel aménagement du poste.

Depuis juin 2026, la visite de reprise peut ne pas être nécessaire si une visite de préreprise a eu lieu dans les 30 jours précédents la reprise, et si le médecin du travail n’a recommandé aucun aménagement. Cette dispense ne s’applique pas si vous-même, votre employeur ou le médecin du travail demandez qu’une visite de reprise soit organisée.

Si vous rencontrez encore des difficultés, parlez-en au médecin du travail. Il pourra proposer un aménagement du poste ou du temps de travail, sans communiquer votre diagnostic à l’entreprise.

Un arrêt maladie ne doit pas fragiliser votre alternance

Pour protéger vos droits, prévenez rapidement votre entreprise et votre CFA, puis transmettez votre arrêt dans les délais prévus. Pendant cette période, ne travaillez pas et ne suivez une formation qu’après avoir effectué les démarches nécessaires. À votre retour, échangez avec votre manager, votre maître d’apprentissage et votre référent pédagogique afin de reprendre progressivement vos missions et vos apprentissages.

Vous suivez une formation en alternance avec l’iSCOD ? En cas d’arrêt prolongé ou de difficulté à rattraper vos cours, contactez votre conseiller pédagogique : il pourra faire le point sur votre parcours et rechercher une solution adaptée avec votre entreprise 🙂

Rédactrice de l’article

Anna de Gouyon Matignon

Rédactrice web freelance depuis plus de 10 ans, j’écris sur des sujets techniques et variés (formation, droit, immobilier et gestion de patrimoine, marketing, management, éducation, art et culture…).